Descoperirea manuscriselor de la Marea Moarta a dus la publicarea unui numar imens de articole, de comunicari si de carti. Cu toate acestea, legat de manuscrisele de mai sus exista un mare numar de enigme, de probleme destul de obscure care nu au putut fi dezlegate pana acum. In manuscrisele de la Marea Moarta apare foarte des expresia de "secret", "mister", mentionandu-se secretele divine cunoscute de divinitate, de ingeri si de puterile ceresti, precum si secretele "minunate" pe care esenienii sau unii dintre ei sustin ca ajung sa le cunoasca prin revelatie. Aceste secrete "minunate" par a fi experiente extatice...